內蒙古自治區有色地質勘查局始建于上世紀50年代。六十多年來,一代又一代有色地勘人跋山涉水、艱苦奮斗，開拓創新、勇于進取,給國家找到多處重要礦產資源，潛在經濟價值達20萬多億元，為國家和自治區經濟和社會發展做出了巨大貢獻。

內蒙古有色地質勘查局成立以來經歷了多次隊伍調整和組編，職工隊伍和單位規模不斷壯大。511隊、512隊作為局的雛形，成立于上世紀50年代初。1973年正式成立內蒙古自治區冶金地質勘探公司局的（前身），隸屬內蒙古自治區冶金工業廳管理。之后組建了物探隊（現綜合普查隊）、第4地質隊、第5地質隊、第6地質隊、綜合研究隊、中心實驗室、機械修配廠、地質研究所等所屬單位。20世紀80年代，因內蒙古自治區行政區域重劃，609隊（現7隊）、108隊劃歸內蒙古冶金地質勘探公司管理；與此同時將第5地質隊劃出歸武警黃金部管理。

1984年，內蒙古自治區冶金地質勘探公司上劃，歸中國有色金屬工業總公司管理，更名為中國有色金屬工業總公司內蒙古有色地質勘探公司。

1989年，內蒙古有色地質勘探公司改稱為中國有色金屬工業總公司內蒙古有色地質勘查局。

2000年，劃歸內蒙古自治區屬地化管理，改稱為內蒙古自治區有色地質勘查局，為準廳級事業單位。

2006年，內蒙古有色地質礦業（集團）有限責任公司掛牌成立，與內蒙古自治區有色地質勘查局并行，實行“一套人馬、兩塊牌子、事企分開”的運作方式。

2020年，根據《自治區黨委、政府關于深化事業單位改革試點工作的實施意見》（內黨辦發【2020】10號），有色局退出了事業序列、徹底轉企。